Основатель монастыря преподобный Корнилий происходил от именитых и богатых граждан г. Ростова Крюковых. В раннем юношестве он оставил мир и постригся в монашество в Кирилло-Белозерском монастыре. По ревности к большому подвижничеству и для снискания глубочайшего уединения он в 1494 году поселился среди комельских лесов, бывших тогда труднопроходимыми, в одной разбойничьей хижине близ речек Нурмы и Талицы. По мере увеличения числа приходящих, желающих подражать его подвижничеству, преподобный старался как можно скорее расчистить дремучий лес, чтобы можно было возделывать землю, сеять хлеб и тем питаться. В 1501 году по благословению всероссийского митрополита Симона он соорудил малую деревянную церковь в честь Введения во храм Пресвятой Богородицы, был рукоположен во священнослужительный сан и поставлен первым настоятелем возникавшей обители. По истечении ряда лет братство стало многолюдно, церковь оказалась тесною, что заставило преподобного Корнилия озаботиться построением новой, более обширной, которая построена и освещена была в 1515 году, при великом князе Василие Иоанновиче и митрополите Варлааме. Вскоре после сего создана была другая церковь с трапезою во имя Антония Великого. Внутри монастыря он устроил больницу, пекарню, а вне его - богадельню для странных и нищих; монастырю дан вид четырехугольника, стороны которого составляли кельи и службы, а середине находились церкви. Добрая слава о великих подвигах самого преподобного распространилась далеко, дошла до слуха Великого князя Василия Иоанновича, который в 1529 году с княгинею Еленою пожаловал его грамотами. Ими было назначено денежное пособие и повелевалось намежевать монастырю землю с починками, лесом и всякими угодьями. Более того, во время своего зимнего паломничества 1529 года в Кирилло-Белозерский монастырь царь и великий князь Василий Иоаннович лично появляется в Комельском монастыре и принимает участие в торжественном молебне. В XVI веке вокруг монастыря быстро росли крестьянские поселeния. Обитель с выгодой торговала солью и рыбой. У стен ее устраивалась ежегодная ярмарка.

С точки зрения истории следует отметить, что в Корнильевском монастыре был создан третий иноческий устав русского происхождения. Как известно, два первых были созданы выдающимися церковными деятелями Нилом Сорским и Иосифом Волоцким.

Корнилий умер 19 мая 1537 года, завещая инокам строго соблюдать написанный им монастырский устав. После него осталась большая иноческая община, пользовавшаяся покровительством московских государей.

В 1552 году в монастыре вспыхнул пожар, уничтоживший деревянную застройку. Это событие подтолкнуло иноков к мысли о возведении каменных храмов. Однако осуществить замысел удалось лишь в конце XVI века, когда был построен каменный собор Введения Богородицы, уничтоженный в 1920-е годы. Это был четырехстолпный пятиглавый храм с трехапсидным построением алтарной части. К его южной части примыкала возведенная в 1859 году одноглавая церковь Корнилия Комельского. В ней стояла рака с мощами Корнилия. Основной объем церкви был завершен четырьмя щипцами, что придавало ей сходство с новгородскими храмами XIV-XV веков. Южнее Корнильевской церкви находилась каменная колокольня, выстроенная в 1599 - 1604 годах. Галерея связывала колокольню с Корнильевской церковью и трапезной палатой. Из художественных богатств Корнильевского монастыря особо примечательны четыре иконы праздничного ряда (XVI век) и плащаница 1594 года, ныне хранящиеся в Вологодском музее. Кроме зданий, располагавшихся компактной группой в западной части монастыря, имелись еще две небольшие церкви - Никольская и Богоматери Всех скорбящих радости. В первой половине XIX века был выстроен каменный двухэтажный корпус келий, стоявший в одну линию с восточным пряслом монастырской ограды.

К середине XVIII века Корнильев монастырь имел около трех тысяч душ крестьян. После секуляризации церковных земель в 1764 году был причислен к монастырям "третьего класса" и вступил в полосу упадка. Некоторый доход приносил монастырю открытый у его стен в 1765 году "минеральный колодезь". В середине XIX века на его основе была устроена лечебница, где больные за плату принимали холодные и теплые ванны.

В настоящее время неизвестно, где находилась могила преподобного Корнилия. В ХХ веке стены монастыря много повидали. Поначалу здесь устроил свой санаторий Архангельский союз леса и сплава. В 1939 году монастырь использовали для размещения интернированных польских военных. Вскоре в бывшем монастыре появились новые обитатели - немецкие военнопленные. Их сменили советские заключенные, среди которых преобладали осужденные по печально знаменитой 58-й статье. Наконец, тюрьма была закрыта, а в зданиях монастыря разместилась областная психиатрическая больница.

Сейчас от древней обители мало что осталось, однако, всякий, кто побывает на месте бывшего монастыря, с удовольствием может полюбоваться живописной равниной, простирающейся вокруг, прогуляться по бывшей монастырской аллее и на валу и отведать некогда считавшуюся чудотворной воду из корнильевских источников.